东汉走到这个阶段，已经是千疮百孔的大船了。朝中外戚与太监轮番掌权，他们大多没有什么政治理想，为了自己的利益而不顾百姓的死活，终于造成叛乱的不时发生，虽说大多很快平定，但运气不会一直站在朝廷这一边，覆灭只是什么时间和什么方式的问题。

不久之后，一场动摇东汉根本的大劫难发生了。

钜鹿人张角在魏郡利用黄老之说，自号“大贤良师”，对外宣称神灵有旨意下来，天帝派八个天使传道（就是他的八大弟子），暗中到各地串联勾结，大肆收养教徒，并以跪拜忏悔、符水咒语来治疗病人，曰黄天泰平。经过十余年的不断发展壮大， 到中平元年的春天，张角的徒众达到数十万，影响了青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八州的无数民众，而且在宫廷中的隐秘战线也取得了丰硕成果----联系上了十常侍。

看见多年的辛苦播种成效显著，星星之火已经燎原，张角于是在诸州郡设立了三十六方，大方万余人，小方六七千，每一方都任命了一个干部。为了体现上天的意志，他提出了一个响亮的口号：“苍天已死，黄天当立。岁在甲子，天下大吉。”此外，为了区分敌我，表明自己不是盲流，而是有组织的革命群体，所有的教徒皆头戴黄巾，当时人们称之为“黄巾”，也有叫“蛾贼”的。

起事之日，张角称天公将军，张宝称地公将军，张梁称人公将军，号召教徒同日搞大事情，一时天下响应，黄巾军烧毁郡县，捕捉杀害官吏。东汉派遣皇甫嵩、朱儁率兵讨伐。

朱儁与孙坚算老乡，认为孙坚是个人才，就上表朝廷封其为左军司马。

孙坚自此从一名地方长官成为军事干部了，长久跟随的喜欢玩酷的乡里少年们皆愿从军（喜欢无事生非的少年一般不好产业，但大多喜欢好勇斗狠）。他又从淮、泗地方及多股商旅中招募精兵，总人数达到千余人，再与朱儁合流。

孙坚的工作作风和态度可以用四个字概括：身先士卒。是的，这很拉风，也是领导喜欢和重视的，但过于拉风也是有风险的。豫州汝南郡西华故城，孙坚一马当先，乘胜深入敌阵，左砍右杀。只见他威风八面，挡者披靡，但砍人也会被人砍啊！就像古语所说：“善泳者死于水。”正当他杀的眼红的时候，被一个不具名的人物刺伤落马，这让他受伤颇重，倒在草丛里动弹不得。但孙坚毕竟是智勇兼备的人，就顺势卧在草中装死。仗打完了，大军收兵，这时孙坚军发现老大不见了，大家都感到前途一片迷茫。但一筹莫展的状况没有持续多久。大兵们看见一匹骢马奔驰回营，跪在地上哀嚎。

“这不是大哥的坐骑吗？”

将士们就跟着马找到了草丛中受了重伤的孙坚。这一次，他在军营里养了十多天的伤，稍微好些了，就再次出来征战。

汝南颍川的十多万黄巾军日渐困窘，在前老大赵弘被官军斩杀后，继续由韩忠带领逃到宛城坚守。

孙坚充分发挥了轻伤不下火线的作风，他独当一面，最先登上城头鼓舞了军队的士气，军士们像蚂蚁一样聚集在他身边，奋力向前杀开一条血路，而朱儁也抓住时机亲自带领五千精卒从东北方攻入，大破并平定了此地的黄巾军。

朱儁将孙坚的先进事迹一件件的记录好，上书汉灵帝。朝廷很快下旨，孙坚官拜别部司马。